Conda学习笔记
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2024-8-8
2024-10-28
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Conda是一个开源跨平台语言无关的包管理与环境管理系统。Conda允许用户方便地安装不同版本的二进制软件包与该计算平台需要的所有库。还允许用户在不同版本的包之间切换、从一个软件仓库下载包并安装。
Conda是用Python语言开发,但能管理其他编程语言的项目(如R语言),包括多语言项目。Conda可安装Python语言的包,类似于其他基于Python的跨平台包管理器(如wheel或pip)。
 

📝 Conda的一些概念

环境管理

Conda 的一个核心思想是“环境”。环境是一个隔离的空间,其中包含特定版本的 Python 解释器、库和其他依赖项。这种隔离性确保了不同项目之间不会相互干扰。

包管理

Conda 作为包管理器,支持安装、升级、删除软件包及其依赖项。Conda 的包格式为 .tar.bz2.conda,并且它可以管理 Python 之外的包(如 R、Ruby、Lua 等)。

频道

频道是包的来源。默认情况下,Conda 使用官方的 defaults 频道,但用户可以添加其他频道(如 conda-forge)来获取更多包。

一些基于Conda的工具软件:

  • Bioconda,用于计算生物学
  • Anaconda
  • Miniconda
notion image
其中,Miniconda 的设计理念是提供一个最小化的安装包,只包含必要的组件。本文以Miniconda为例讲解conda.

📝 Miniconda的安装

  • For Linux:
    • 执行以下脚本:
      若安装完成后conda命令无法使用,执行:
       
  • For Mac:
    • 使用Mac的包管理器brew即可。或者上述适用于Linux的安装方法也可。
  • For Windows(略写):
      1. 从 Miniconda 官网 下载适用于 Windows 的 Miniconda 安装程序。
      1. 运行安装程序并按照提示进行操作。
      1. 选择默认安装位置,并按下图所示选择(如果不想麻烦,可以勾选第一个选项,这样就会自动配置环境变量,可以略过第四步)。
      notion image
      1. 将 Miniconda 添加到 PATH环境变量
      notion image
      1. 完成安装后,打开命令提示符(cmd)并输入 conda --version 确认安装成功。

📝 更换 Miniconda 的源为国内镜像

为了加快包的下载速度,你可以将 Miniconda 的源换成中国国内的镜像源。下面是更换源的具体步骤。

1. 备份现有配置文件

首先,建议备份现有的 Conda 配置文件,以便在需要时可以恢复。

2. 更新配置文件

你可以使用以下命令将 Conda 配置文件更新为使用国内镜像源。这里使用的是清华大学的镜像源。

频道优先级

频道优先级用于控制包的安装顺序和来源。当你有多个频道配置时,Conda 按照频道的优先级顺序搜索包。默认情况下,Conda 按照配置文件中的频道顺序搜索和安装包。

默认频道和自定义频道

  • 默认频道:Anaconda 提供的官方频道,如 defaults
  • 自定义频道:用户添加的其他频道,如 conda-forgebioconda 等。
    • 配置频道优先级

      你可以通过 conda config 命令或手动编辑 .condarc 文件来配置频道优先级。

使用 conda config 命令配置频道

手动编辑 .condarc 文件

打开或创建 ~/.condarc 文件,添加或修改频道配置:
在上述配置中,menpobioconda 频道的优先级高于 defaults 频道。

频道优先级模式

Conda 提供了两种频道优先级模式:
  1. 灵活模式(Flexible):默认模式。Conda 将在所有配置的频道中查找包,并选择一个最符合版本需求的包。
  1. 严格模式(Strict):按照频道优先级严格查找包,只在最高优先级的频道中查找包,如果找不到,则查找下一个频道。
    1. 配置频道优先级模式

你可以使用 conda config 命令来设置频道优先级模式:

3. 更新 Conda

更改源后,建议更新 Conda 以确保配置生效:

验证新的源

你可以通过安装或更新包来验证新的源是否工作正常。例如,安装一个常用的包:
如果下载速度显著提高,则说明国内镜像源配置成功。

📝 Miniconda 基础操作

检查 Conda 版本

更新 Conda

查看已安装的包

搜索包

Conda 帮助

📝 创建和管理环境

创建新环境

基础环境
指定 Python 版本
带多个包的环境

激活和停用环境

查看所有环境

删除环境

查看环境详细信息

 
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